药用花卉病虫害的防治，首先要了解发病的原因和病虫害的种类，掌握病虫害发生发展的规律，贯彻“预防为主，综合防治”的方针；
其次要全面考虑，趋利而避害，既要提高药用花卉的产量和质量，又要减少环境污染。尤其要防止毒物残留危害机体。
1.植物检疫 就是根据国家制定的一系列检疫法规措施，以防止别的国家或别的疫区输入新的危险病虫和限制当地的病虫害向外传播蔓延，来防治药用花卉病虫害的方法。
因此，在药用花卉引种、种苗的调运要严格履行检疫手续。
2.农业防治 就是综合运用栽培管理技术措施来控制和消灭病虫害的方法，称为农业防治法。常用以下几种方法：
(1)选育抗病虫品种 不同品种的药用花卉对病虫抵抗能力差异很大，因此选育抗病害的优质、高产的药用花卉品种是防治病虫害的经济有效的措施。如有刺红花比无刺红花抗炭疽病。在同一品种内也要选育抗病虫的单株留种。另外，还要选用无病或少病的种类，以减少病源。
(2)合理轮作 不同的药用花卉有不同的病虫害，而各种病虫又有一定的寄生范围。
(3)调节播种期 有些病虫害常和药用花卉某个生长发育阶段的物候期有着密切关系。如设法使这一生长发育阶段避过病虫害大量侵染危害的危险期，可以减免或减轻病虫的危害，如红花适期早播，可避过炭疽病和红花实蝇的危害；薏苡适期晚播，可以减轻黑粉病的发生；萱草夏播，可以避免春季苗期害虫的危害。所以调节播种期是达到避病防虫的有效手段。
(4)深耕细作 能促进药用花卉根系发育，增强吸肥能力，使其生长健壮，同时还起直接杀灭病虫的作用。
(5)清洁田园 地里病虫危害残株及田间枯枝、落叶、杂草等，往往是病虫隐蔽及越冬的场所，成为来年病虫来源。因此，有病株落叶收集烧毁，清洁田园，可以减少病虫害的发生。
(6)加强田间管理 包括合理施肥，及时排灌和中耕除草等技术措施，通过精细的田间管理，达到防治病虫的效果。
3.生物防治 应用自然界某些有益生物消灭或抑制某种病虫的方法，称为生物防治。
生物防治目前主要是利用以虫治虫，以菌治虫和以菌治病及以鸟治虫的方法进行。如利用步行虫、食蚜瓢虫、食蚜虻、食蜴蝇等扑食性益虫防治蚜虫等；利用山茧蜂、赤眼蜂等防治菜青虫；利用白僵菌、青虫菌、杀螟杆菌等寄生性细菌和真菌防治菜青虫、食心虫、蛴螬、金龟子、地老虎等多种害虫；利用春雷霉素、 生物防治是综合防治的一个重要方面，具有对人、畜和植物无害，使用安全，无残毒，不污染环境，效果持久，有预防性等优点，有着广阔的发展前途。
4.物理机械防治 根据病虫的生活习性和病虫的发生规律利用温度、光及器械等物理机械来消灭病虫害的方法，称为物理机械防治法。如活动性不强，危害集中，或有假死性的病虫，实行人工捕杀；对有趋光性的鳞翅目以及某些地下害虫等，利用诱蛾灯或黑光灯诱杀；利用高温低温方法防除仓库害虫。根据有病虫害的种子重量比健康种子轻，可用风选、水选淘汰有病虫的种子等。近年来，还用物理学新技术如超声波、放射线直接杀死病菌和害虫。
5.化学防治 应用化学农药防治病虫害的方法，称为化学防治。具有作用快、效果好、使用方便，能在短期内消灭或控制大量的发生病虫害，受地域性和季节性限制比较小等特点，是目前防治病虫害常用的一种方法。但也有较大的缺点，如长期使用农药，病原生物易产生抗药性，同时伤害一些有益生物，不利于生物防治。另外，还有农药残毒、污染环境、影响药用花卉质量等缺点。
