和以前一些系统相比，ICSG系统将仙人掌亚科分成17个属，这不仅大大超过亨特和Barthlott以前的系统(都是5属)，也比1966年Backeberg的系统多一个属。这是由于新的分类手段介人所致。亨特说，按DNA分析，仙人掌亚科应该分为5族，现在这个系统暂时分成2族。但是读者千万不要认为这5个族也许就是以前系统的5个属。在以前5个属中，顶花掌属(Quiabenia)和麒麟掌属(Peireskiopsis)很近;长蕊掌属(Tacinga)和仙人掌属(Opuntia)接近;翅子掌属(Pterocactus)则稍远一些。分析表明，圆柱仙人掌属(Cylindropuntia)和南美圆柱仙人掌属(Austrocylindropuntia)两个外表接近的属亲缘关系很远。
仙人掌亚科是一个特点鲜明的类群，有的专家总结有5个特点:一是刺座具芒刺(亦称钩毛glochids);二是茎的外皮层细胞具大的二氧化钙晶簇;三是花粉粒多孔，外壁具奇特显微结构;四是种子包被由珠柄发育的假种皮;五是次生木质部有特殊管胞。
以上5个特点有的在仙人掌科其他亚科的一些种类上也具有，如二氧化钙晶簇在皱棱球和墨残雪这两个种中有发现。而芒刺特别是假种皮是其他亚科不具备的。据此，有专家称仙人掌亚科“表现为在中子类中特别特化和独有的型式”
仙人球亚科(Cactoideae)，有专家称之为昙花亚科，这一亚科历来是分类争议变动最大的。其中族、亚族、属的设立和归类非常混乱。但没有哪一个分类学家把另外两个亚科的(以前仙人掌科只分3亚科)种类归人这个亚科，这个亚科的成员也从未移到别的亚科中。DNA分析指出，所有这个亚科成员的质体基因rpoCl有内区缺失，缺失大约740 bp,表明这个亚科的所有成员都有共同的起源(Wallace, 1995; Wallace和Cota, 1996)。该事实证明，以前分类上尽管有争议，但大的线条还是统一的。也证明了工作只要做得好，宏观手段和微观手段各自得出的结论可以一致。
亨特新系统中在仙人球亚科中的一个明显改动是，将一个附生类型的属Pfeiffera(角纽属)移到鹿角柱族中。而以前都是归入量天尺族或丝苇族，也有不设立该属而并人Lepismium或Rhipsalis,亨特说这次改动的理由是分子证据表明它最接近Corryocactus(恐龙角属)。
此外，ICSG系统出现两个新属:Pierrebraunia和Yavia。Pierrebraunia 1997年由Esteves设立，2001年安特森将它并人Arrojadoa，这次重新确立。Yavia是2001年新设立的，属名为阿根廷胡胡伊省的一个地名，目前仅含1种—隐果球(Yavia cryptocarpa)。
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