病虫害防治锈病、叶斑病和叶枯病是萱草极易发生的病害。锈病为真菌性病害，是萱草中后期的主要病害，5月上旬开始发生，6至7 月最为严重，直到10月以后才逐渐停止，危害叶片、花苔。叶片初产生少量黄色粉状斑点，后逐渐扩展到全叶，以致全株枯死，发病时可喷施粉锈宁、敌锈钠等杀菌剂防治。叶斑病由镰孢霉属真菌引起，是萱草苗期的主要病害，3月底至4月初开始发病，4月中下旬至5月中下旬是发病高峰。常发生在叶片主脉两侧的中部，穿孔后造成水分与养分运输中断，叶片尖端先行枯黄，最后全叶萎黄枯死。可喷洒波尔多液或石硫合剂进行防治。
叶枯病由刺盘孢属病源真菌引起，是继叶斑病后发生的苗期病害。一般5月上旬开始发病，6月上中旬最为严重，主要危害叶片，也危害花苔。从幼苗时便发病，叶片中部边缘初产生水渍状小点，以后逐渐向上、下蔓延，形成褐色条斑，最后至灰白色，严重时全叶枯死。可用50％多菌灵600至800倍液喷洒，也可在清明前后喷施波尔多液来防治。
萱草的主要虫害是红蜘蛛和蚜虫。红蜘蛛为细小而形似蜘蛛的红色虫子，主要在叶片背面刺吸汁液危害，被害处出现灰白色小点。可用40％乐果乳剂、20％螨卵脂可湿性粉剂等来防治。蚜虫主要发生在 5月份，先危害叶片，之后在花蕾上刺吸汁液，被害的花蕾瘦小，容易脱落。可用石硫合剂、40％乐果乳剂、25％马拉松乳油、烟草石灰水等来防治。另外，在大花萱草繁育试验中发现，5至8月份蜗牛对大花萱草的危害较为严重，应及时做好防治措施。
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